Base de données des Collections de paléontologie - géologie et science ouverte

Contexte et besoins

La problématique de la gestion des échantillons et des données qui leurs sont associées pour les communautés des Sciences de la Terre évolue rapidement. Dans ce contexte, les collections de paléontologie et de géologie du LGL-TPE mettent à jour leur infrastructure logicielle et adapte leur inventorisation du matériel scientifique. Ce travail de restructuration se traduit aujourd’hui par la création d’une base de données sous licence libre ainsi qu’un outil de saisie et de consultation en ligne. Cette interface s’inscrit dans la politique de Science Ouverte, ceci pour rendre les données produites FAIR, en assurant leur qualité, leur signalement et leur réutilisation par des structures nationales et européennes.

Afin d’accompagner les chercheurs et équipes techniques pour appliquer les principes FAIR des données, l’application se divise en deux parties au rôle précis dans le processus de valorisation.

Outils de gestion d’inventaire interne :

• Après l’échantillonnage : import en masse via tableurs formatés
• Interface d’annotation et archivage de l’échantillon
• Export de métadonnées en format standard et d’indicateurs

Catalogue de consultation en ligne :

• Mise en avant de spécimens d’exceptions
• Interface de prise de contact
• Science collaborative pour enrichir les définitions des échantillons

Infrastructure

Les fondations de cette base de données repose sur une standardisation des métadonnées analytiques les accompagnent et intègre ainsi différents exports possibles :

• DarwinCore
• Access to Biological Collection Data (ABCD) et Extended for Geosciences (EFG)
• Geoscience Markup Language (GeoSciML) par l’Open Geospatial Consortium
• Latimer Core, standards de données pour décrire les collections

Cette nouvelle infrastructure s’inscrit dans une dynamique nationale et européenne d’interopérabilité et de valorisation du matériel scientifique des établissements de recherche en Science de Terre :

• L’infrastructure de recherche Recolnat : Banque d’images et outils collaboratifs – Herbiers, Collection Zoologie et Paléontologie (Géologie en cours d’intégration)
• e-COL+ : Valorisation de données naturaliste avec la numérisation 3D
• Groupe de travail INSU “Echantillons et Données” : mise en place d’un service national de numérotation/déclaration universelle des échantillons, basé sur le système IGSN, de façon à assurer la traçabilité et l’interopérabilité entre les différents jeux de données produits sur un même échantillon
• DiSSCo (Distributed System of Scientific Collections) : Modèle d’intégration et de recherche des collections de sciences naturelle européennes.

Liste des équipements

Scanner Artec Micro : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension entre 1 cm à 5 cm, précision 0,01 mm, résolution 0,029 mm.

Scanner Artec Micro capturant la géométrie d’objets d’un demi-centimètre jusqu’à 9cm.

Scanner Artec Micro : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension entre 1 cm à 5 cm, précision 0,01 mm, résolution 0,029 mm.

Scanner Artec Space Spider : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension entre 5 cm à 20 cm, précision 0,05 mm, résolution 0,1 mm.

Scanner Artec Space Spider capturant la géométrie d’objets de 5cm à 20cm.

Scanner Artec Space Spider : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension entre 5 cm à 20 cm, précision 0,05 mm, résolution 0,1 mm.

Scanner Artec Eva : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension supérieure à 20 cm, précision 0,1 mm, résolution 0,2 mm.

Scanner Artec Eva capturant la géométrie d’objets supérieurs à 20cm.

Scanner Artec Eva : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension supérieure à 20 cm, précision 0,1 mm, résolution 0,2 mm.

Imprimante 3D Elegoo Saturn : Résine liquide, technologie UV LCD, dimensions d’impression 192 x 120 x 200 mm, résolution de 50 microns en xy et 10 à 150 microns en z.

Imprimante 3D Elegoo Saturne utilisée pour imprimer des modèles 3D.

Imprimante 3D Elegoo Saturn : Résine liquide, technologie UV LCD, dimensions d’impression 192 x 120 x 200 mm, résolution de 50 microns en xy et 10 à 150 microns en z.

Stéréomicroscope Zeiss Discovery. V8, avec caméra AxioCam MRc 5 (D) et camera Lucida.

Stéréomicroscope Ziess Discovery.

Stéréomicroscope Zeiss Discovery. V8, avec caméra AxioCam MRc 5 (D) et camera Lucida.

Appareil photographique Nikon D850 (fonction Focus Stacking)

Appareil photo Nikon D850.

Appareil photographique Nikon D850 (fonction Focus Stacking)

Appareil photographique D5000, avec objectifs macro.

Appareil photo Nikon D5000

Appareil photographique D5000, avec objectifs macro.

Banc de reproduction photographique avec statif électrique, éclairage par tubes lumière blanche 36W et panneaux LED 1200.

Banc de reproduction photographique permettant de prendre des photos nettes.

Banc de reproduction photographique avec statif électrique, éclairage par tubes lumière blanche 36W et panneaux LED 1200.

Percuteurs à air comprimé W224 et Chicago : Dégagement de fossiles, roches et minéraux.

Percuteurs à air comprimé utilisés pour dégager les fossiles, roches et minéraux de leur sédiment.

Percuteurs à air comprimé W224 et Chicago : Dégagement de fossiles, roches et minéraux.

Postes informatiques avec logiciels de visualisation et de reconstructions 3D : Artec Studio, Meshlab, Avizo, 3D Slicer, Metashape, etc…

Parc informatique utilisé pour la reconstruction d’images 3D

Postes informatiques avec logiciels de visualisation et de reconstructions 3D : Artec Studio, Meshlab, Avizo, 3D Slicer, Metashape, etc…

Liens utiles

Infrastructure Recolnat   Base e-Recolnat   Programme e-COL+   Rapport Collections Géologiques INSU