Collections de paléontologie - géologie et Imagerie 3D

Site géographique : UCBL1 Doua Darwin D
Responsables techniques : Emmanuel Robert (collections et imagerie 3D) et Nicolas Rinder (imagerie 3D)
Adresse mail : emmanuel.robert@univ-lyon1.fr – nicolas.rinder@univ-lyon1.fr
Tél : +33 (0)4 72 44 84 88 – +33 (0)4 72 44 58 05

Photo Vincent Moncorgé Ⓒ

Lien vers le projet du développement de la base de données des collections

Présentation de la plateforme

10 millions de spécimens fossiles et d’échantillons pétrographiques sont conservés dans les collections des sites de Villeurbanne et de Saint-Etienne du LGL-TPE. Ils illustrent 200 ans de recherche et servent aux projets actuels très dynamiques des chercheurs et enseignants-chercheurs du laboratoire. Les collections accueillent également chaque année de nombreux scientifiques du monde entier, notamment grâce aux 60 000 référents paléontologiques des collections de l’Université Lyon 1 (code UCBL-FSL) et des collections de l’Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, dont nous avons la gestion des lots d’invertébrés (code UCBL-EM).

Les échantillons sont accompagnés d’une riche documentation, en particulier celle de la bibliothèque-cartothèque du laboratoire. Les échantillons sont disponibles pour les recherches en géosciences, observables dans les locaux des collections ou étudiables à distance via les différents services proposés : inventaires, prêts, photographies 2D, modèles 3D, etc.

Les (méta)données des échantillons sont en partie gérées via des systèmes de gestion standardisés (dont la consultation en ligne est prochaine). Ils sont associés à des photographies 2D et des modèles 3D issues de numérisations surfaciques et tomographiques, ou d’autres jeux de données.

Une base de données ainsi qu’un catalogue en ligne dédié à la valorisation des collections sont en cours de développement. Ce site web permettra ainsi de consulter les échantillons et faciliter la prise de contacte envers le public scientifique. Ce projet s’inscrit dans une initiative nationale sur l’ouverture des données issue de la recherche.

Plus d’informations sur la base de données ici

Type d’expérimentation, d’analyse et de prestation

Services à la recherche en relation directe aux Chercheurs, Enseignants Chercheurs et Doctorants :

– Inventaires, données multiples : Collections nominales, législation, etc…
– Photos 2D, modèles 3D surfaciques.
– Reconstructions 3D surfaciques, tomographiques, photogrammétriques.
– Prêts pour étude.
– Expertises de collections.
– Consultation via API FileMaker Pro Advanced (SGBD actuel) ou via base en PostGreSQL (SGBD futur, migration en cours d’étude).
– Accès aux (méta)données + images 2D + modèles 3D reconstruits (besoin d’un plugin de visualisation 3D).

La plateforme participe également à un Equipex, cofinancé ANR, le projet e-COL+ dont l’objectif est la numérisation 3D des collections naturalistes.

Collections de paléontologie - géologie et Imagerie 3D - LGLTPE

Anthracotherium bumbachense

Crédits C. Vautey

Planche poisson Cerin in Thiolliere

Crédits Collections

Zamites feneonis

Crédits E. Le Roux

Niobe (Niobelle) fourneti

Crédits E. Le Roux

Homotherium crenatidens

Crédits E. Le Roux

Glyphea dressieri

Crédits Recolnat

Knemiceras uhligi

Crédits R. Chirat

Rhopalocystis destombesi (plaque photographique)

Crédits Collections

Liste des équipements

Scanner Artec Micro : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension entre 1 cm à 5 cm, précision 0,01 mm, résolution 0,029 mm.

Scanner Artec Micro capturant la géométrie d’objets d’un demi-centimètre jusqu’à 9cm.

Scanner Artec Space Spider : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension entre 5 cm à 20 cm, précision 0,05 mm, résolution 0,1 mm.

Scanner Artec Space Spider capturant la géométrie d’objets de 5cm à 20cm.

Scanner Artec Eva : Numérisation surfacique de fossiles et échantillons de dimension supérieure à 20 cm, précision 0,1 mm, résolution 0,2 mm.

Scanner Artec Eva capturant la géométrie d’objets supérieurs à 20cm.

Imprimante 3D Elegoo Saturn : Résine liquide, technologie UV LCD, dimensions d’impression 192 x 120 x 200 mm, résolution de 50 microns en xy et 10 à 150 microns en z.

Imprimante 3D Elegoo Saturne utilisée pour imprimer des modèles 3D.

Stéréomicroscope Zeiss Discovery. V8, avec caméra AxioCam MRc 5 (D) et camera Lucida.

Stéréomicroscope Ziess Discovery.

Appareil photographique Nikon D850 (fonction Focus Stacking)

Appareil photo Nikon D850.

Appareil photographique D5000, avec objectifs macro.

Appareil photo Nikon D5000

Banc de reproduction photographique avec statif électrique, éclairage par tubes lumière blanche 36W et panneaux LED 1200.

Banc de reproduction photographique permettant de prendre des photos nettes.

Percuteurs à air comprimé W224 et Chicago : Dégagement de fossiles, roches et minéraux.

Percuteurs à air comprimé utilisés pour dégager les fossiles, roches et minéraux de leur sédiment.

Postes informatiques avec logiciels de visualisation et de reconstructions 3D : Artec Studio, Meshlab, Avizo, 3D Slicer, Metashape, etc…

Parc informatique utilisé pour la reconstruction d’images 3D

Liens utiles

Infrastructure Recolnat Base e-Recolnat Programme e-COL+ Rapport Collections Géologiques INSU

Accès

Les collections se situent dans le bâtiment Darwin-D, campus de La Doua, Villeurbanne. Il faut prendre le tram T1 direction IUT Feyssine, ou T4 direction Gaston Berger. Descendre à l’arrêt “Université Lyon 1”. En sortant du tram, l’entrée D du bâtiment Darwin se situe en face, un peu sur votre droite.